"המאה הנוכחית תהיה המאה הביולוגית", אומר ד"ר סיימון אדר, מנכ"ל ומייסד משותף של חברת המדע החישובי קוד אושן (Code Ocean), "אנחנו יודעים לרפא היום 5% מהמחלות וההתקדמות הטכנולוגית נותנת הזדמנות מטורפת לפתור הרבה מאוד מהמחלות. הביוטק מתפוצץ היום, גם בגלל הקורונה. יש גידול מטורף. היכולות של העריכה הגנטית והריצוף הגנטי בשילוב ירידת העלויות מעניקות הרבה הזדמנויות, והגביע הקדוש של כל הנושא הוא היכולת לעשות data analysis בקנה מידה גדול".
ניתוח נתונים בקנה מידה גדול זה בדיוק מה שעושה קוד אושן, שפיתחה פלטפורמה לאיסוף נתונים, עיבודם ושיתוף פעולה בינלאומי שלהם. הפלטפורמה פתוחה בחינם למדענים ומוסדות מחקר שחולקים את הידע עם הקהילה העולמית, ובמקביל משמשת כתשתית שיתוף המידע המחקר בחברות פארמה ענקיות. החברה פיתחה מעין קפסולה חישובית, שמכילה קוד, נתונים ותוצאות של מחקרים, וניתנת לשיתוף בין חוקרים מרחבי העולם.
כעת מודיעה קוד אושן מודיעה על השלמת גיוס סבב B בהיקף של 16.5 מיליון דולר בהובלת קרן M12 של מיקרוסופט וקרן באטרי ונצ'רס, שהובילה את ההשקעות בחברה גם בשלבים המוקדמים. "המשקיעים שלנו מסתכלים על 'הדבר הגדול הבא' שהוא ביולוגיה דיגיטלית. זה תחום שכבר יש בו יוניקורנים עם אלמנט של תיעוד המחקר ואוטומציה של מעבדות המחקר, וחסר בו המדע החישובי – שזה מה שאנחנו מכסים", אומר אדר.
הרקע להקמת החברה הוא הדרך המשותפת של שני מייסדיה, אדר וסמנכ"ל הטכנולוגיה רם דיין. השניים נפגשו בשירות הצבאי ב-8200, שם פיתחו מערכות ששילבו תשתית ואלגוריתמיקה מורכבת. שנים אחר כך, במהלך לימודי הדוקטורט של סיימון באוניברסיטת תל אביב, הוא נתקל בקשיים לשתף פעולה עם מדענים באוניברסיטאות אירופאיות בגלל הניתוק בין הנתונים. ב-2015 חברו אדר ודיין להקמת קוד אושן, שמעסיקה כיום 33 עובדים ומתכוונת לגדול ל-50 עוד השנה. מאז הקמתה גייסה החברה 37.5 מיליון דולר.
למה צריך פלטפורמה מיוחדת למדענים? מחשוב ענן רגיל לא מספיק?
"זו הבעיה המהותית: הדאטה גדל וגדל, אי אפשר לעבד אותו על המחשב האישי שאין לו מספיק כוח חישובי. מצד שני, בחברות מחשוב הענן יש משוכות, שאני כמדען צריך להתמודד איתן – קונפיגורציה, אדמיניסטרציה, פיתוח תשתית docker. אלו עולמות של אנשי תוכנה. עדיף להשתמש בכוח המוח של מדענים כדי לעשות מדע ולא כדי לפתור בעיות של אנשי תוכנה".
ד"ר סיימון אדר, מנכ"ל ומייסד משותף: "אנחנו מביאים קונספט חדש של digital lab - מעבדה חישובית. הניסויים הפיזיים נשמרים כיום בצורה דיגיטלית והאנליזה שפעם נעשתה על נייר נעשית במחשב"
מה ההבדל בין קפסולת קוד רגילה לבין קפסולה חישובית?
"זו פריצת דרך בחשיבה של מה הוא הקונטיינר המדעי, שהוא שונה מהקונטיינר של המפתחים. הבעיה במדע שיש לך דאטה מאוד גדול ו-docker לא מתאים להחזיק טרה-בייטים של נתונים. הקונטיינר המדעי מכיל גם ביג דאטה וגם קוד, והכל מבוסס על קוד פתוח ותשתית אחסון בענן. אתה יכול להיכנס לחדר וירטואלי או לייצר חדר וירטואלי, לקנפג אותו לפי הצרכים בכלים מאוד פשוטים".
מי הלקוחות שמשתמשים בפלטפורמה שלכם?
"אנחנו מחברים שלושה מרכיבים בקהילה המדעית – מחקר פרטי, מחקר ציבורי ומו"לים של כתבי עת מדעיים. אנחנו עוזרים לחברות ביוטק וביג פארמה במחקר הפנימי שלהן, וזה הכיוון העסקי המרכזי של החברה. יש גם פלטפורמת SaaS למדע פתוח, חינמית למדענים, שמאפשרת גם להתחבר לפרסומים מדעיים, כמו Nature ו-IEEE. תהליך בדיקת העמיתים של המחקרים מתבצע על המערכת שלנו, ומבטיח שהמחקרים ניתנים לשחזור ורק לאחר מכן הם מתפרסמים בכתב העת. יש לנו היום יותר מ-25 לקוחות משלמים ויותר מ-30 אלף מדענים על פלטפורמת ה-open science chur מ-1,000 אוניברסיטאות".
איך אפשר לבדוק נתוני מחקר של ניסויים בתחומי מדעי החיים?
"אנחנו מביאים קונספט חדש של digital lab - מעבדה חישובית. הניסויים הפיזיים נשמרים כיום בצורה דיגיטלית והאנליזה שפעם נעשתה על נייר נעשית במחשב. הודות לפריצת הדרך בנושא הריצוף הגנטי כמעט לכל ניסוי במדעי החיים מוסיפים ריצוף גנטי שמייצר כמויות דאטה אדירות. זה דורש יכולות ביג דאטה למדענים. אנחנו מגשרים על הפער שנוצר בין היכולות המדעיות של המדענים והצורך שלהם לעשות אנליזה לדאטה מאוד גדול וזה מאפשר לעשות פריצות דרך כמו שקורות היום במחקר סרטן, ברפואה מדייקת, לזהות מהם הגורמים למחלות ואיך אפשר למנוע אותם".