בצל האסון הקשה ברצועת עזה, שבו נהרגו ארבעה לוחמים מחטיבת הקומנדו, מפרסם צה"ל תחקיר ראשוני על רצף האירועים שהובילו לפיצוץ המבנה בו שהו הכוחות. בפיצוץ נהרגו: רס"ם חן גרוס, סמ"ר יואב רוור, רס"ל תום רוטשטין וסמ"ר אורי יהונתן כהן. חמישה לוחמים נוספים נפצעו, בהם קצין מילואים מיחידת מגלן שנפצע באורח קשה. מצבם של שאר הפצועים מוגדר בינוני.
לוחמי צק"ח קומנדו פועלים במרחב ח'אן יונס מזה כחודש. במהלך פעילותם חיסלו עשרות מחבלים והשמידו מאות תשתיות טרור. מספר ימים לפני האירוע, הכוחות פעלו במרחב והפעילו מגוון אמצעים מודיעיניים בכדי לסרוק את המבנים במרחב לקראת פעולה עתידית, בפיענוח המודיעיני עלה כי ישנם מספר מבנים חשודים במלכוד או שבסביבתם ממצאים החשודים כממולכדים. מתוך ניתוח הצרכים המבצעיים, הוחלט להימנע מלהשתמש בשניים מהמבנים, שנתפסו כבעלי "תועלת נמוכה וסיכון מיותר", והם הושמדו בתקיפה אווירית.
לעומת זאת, מבנה שלישי, שבו זוהה ממצא חשוד כמטען, נחשב חיוני להמשך הפעולה במרחב – ולכן הוחלט לבצע תהליך מבוקר לשלילת מלכוד לפני הכניסה למבנה. הכוחות ביצעו סריקה קפדנית שכללה הפעלת רחפן שחג סביב המבנה, חדר פנימה והתמקד במיוחד בממצא החשוד. הצילומים נותחו ע"י מפקדי הכוח, ובסיומם נקבע כי לא אותרו מטענים ולא נראו סימנים מחשידים נוספים.
טרם כניסת הכוחות למבנה בוצע ירי לעבר שתי הקומות שלו – גם לצורך נטרול איומים, וגם לצמצום הסיכון ללוחמים. ירי דומה בוצע גם יום קודם לכן על ידי לוחמי יהל"ם. בהמשך הושלך מטען לקומה הראשונה, ולאחר פיצוצו נכנסו הלוחמים.
בתום סריקה שנמשכה בקומה הראשונה ונקבעה כ"סטרילית", החלו הכוחות לעלות לקומה השנייה. שם, זיהה מפקד הצוות ממצא מחשיד נוסף. בהתאם לנהלים, הוא עצר את ההתקדמות, לקח את הלוחמים לאחור, ונשאר עם הקשר שלו בגרם המדרגות כדי לאבטח – תוך שהוא מזעיק את צוות סילוק הפצצות. זמן קצר לאחר מכן – התרחש הפיצוץ הקטלני.
בצה"ל מציינים כי מדובר בתחקיר ראשוני בלבד, וכי התחקיר המלא יתבצע לאחר שהפצועים יתאוששו. עם זאת, מהשלב הזה עולה כי הכוח פעל בזהירות, וביצע את כל הפעולות הנדרשות לשם שלילת איומים – כולל איסוף מודיעין, סריקות טכנולוגיות, ירי מקדים, ופיקוד צמוד מלפנים לאורך כל הפעולה. לא ניתן לקבוע את סיבת הפעלת המטען ואת סוג המטען, המשך התחקיר יתאפשר כאשר הפצועים יתאוששו.
הכוח פעל במרחב רווי סיכונים, ועשה את המיטב לשלול את כלל האיומים, נמסר. המפקדים דאגו שהמידע ירד עד לאחרון הלוחמים, והפעולה נוהלה תוך קיום הערכות מצב שוטפות בשטח.