צה"ל פרסם את התחקיר הצבאי על שאירע בבוקר 7 באוקטובר בשדרות, אולם תושבים בעיר וחיילים שלחמו בה מצביעים על פערים משמעותיים באשר לממצאיו, כך פרסמנו אמש (רביעי) ב"מהדורה המרכזית". בצה"ל טענו כי מלבד הקרב על תחנת המשטרה, מהשעה 10:30 בבוקר השבת - לא היו עוד מחבלים במרחב העיר, אך תיעודים ממצלמות אבטחה חושפים כי גם בשעות הערב נצפו מחבלים בשטח העיר.
את התחקיר הצה"לי ניהל סגן מפקד אוגדה 36, אל"ם ניתאי עוקשי, שגם לחם בעיר בבוקר הטבח. אחת הסיבות לפערים בתחקיר הצבאי נעוצה בעובדה שהצוות המתחקר לא שוחח עם אף אחת מהמשפחות השכולות בשדרות במסגרת התחקיר.
שעת השליטה וכמות המחבלים - הפערים
בתחקיר שפרסם הצבא נקבע שפרט לקרב שהתנהל בתחנת המשטרה, מהשעה 10:30 בבוקר השבת - הושגה שליטה מבצעית בעיר. אלא שתיעודים ממצלמות אבטחה מראים כי גם בשעה 19:23 היו מחבלים במרחב, ובדיקה פנימית שנערכה בעירייה מעלה כי מחבלים היו שם עד יום שלישי. למרות זאת, בצה"ל עומדים על קביעתם.
פער נוסף נוגע לכמות המחבלים שפשטה על שכונת האחוזה בעיר. התחקיר הצה"לי קובע כי מספר המחבלים שהגיע לשכונה הוא 5, בעוד התחקיר הפנימי של העירייה מצביע על 11 מחבלים. גם בכמות רכבי המחבלים התגלו פערים: תחקיר הצבא מנה 3 טנדרים ורכב אזרחי אחד, אולם הבדיקה הפנימית בשדרות העלתה כי מספר כלי הרכב שבהם נעזרו המחבלים הוא 6 טנדרים, 2 רכבים פרטיים ו-2 אופנועים.
עדות הלוחם משדרות
לוחם בגדוד שנלחם בעיר הופתע ממצאי התחקיר שהציג הצבא ואמר: "בניגוד לתחקיר, הלחימה לא הסתיימה ב-8 באוקטובר - הגדוד שלי נלחם בשדרות עוד ימים ארוכים לאחר מכן. לצערי איבדנו בפלוגה 3 חיילים ב-9 באוקטובר. מזעזע לראות כיצד צה"ל מתעלם מהעובדה שהם נהרגו בקרבות להגנה על שדרות".
בצה"ל הגיבו לדבריו ואמרו כי האירוע שבו הלוחמים נפלו מתוחקר ויוצג תחת התחקיר של שער הנגב שצפוי להתפרסם בהמשך.