במהלך סריקות של כוחות מיוחדים של צה"ל והשב"כ בתוואי התת-קרקעי שבו נמצאה גופתו של מוחמד סינוואר, אותרו פריטים השייכים למנהיג חמאס, לצד ממצאים מודיעיניים בעלי ערך רב, גם בקשר לתמרון של צה"ל. במהלך הפעילות אותרו גופות מחבלים נוספות, זהותן נמצאת בבדיקה.
צה"ל פרסם הערב (ראשון) תיעוד של הוצאת גופתו של סינוואר מהמנהרה בידי כוחות צה"ל, ומסמכים מזהים שלו ושל מבכירי ארגון הטרור הרצחני, ששהו עימו בתת-הקרקע וחוסלו בתקיפה של צה"ל. בסרטון אחר נראות גופות המחבלים במנהרה ולצידן מונחים כלי נשק.
במבצע ממוקד של כוחות צה"ל והשב"כ ולאחר השלמת הליך הזיהוי, אומת הבוקר כי גופתו של סינוואר אותרה בתוואי התת-קרקעי מתחת לבית החולים האירופי שבח'אן יונס. סינוואר חוסל ביחד עם מפקד חטיבת רפיח מוחמד שבאנה בפעילות משותפת של צה"ל והשב"כ ב-13 במאי, בעת ששהו במתחם פיקוד ושליטה תת-קרקעי בו פועלים כעת כוחות צה"ל.
באופן מפתיע, החדר שבו שהה סינוואר בתוך המתחם שהופצץ נשאר שלם, ונותרו בו רהיטים וחפצים ששימשו את מנהיג ארגון הטרור הרצחני ואת המחבלים שחוסלו עימו.
דובר צה"ל תת-אלוף אפי דפרין הגיע לאזור התקיפה בח'אן יונס, שבו חוסל סינוואר, ואמר כי "המתחם הוא אחד ממוקדי הפיקוד והשליטה שחמאס השתמש בו כדי לפקד על הפשיטה ב-7 באוקטובר. נמצאו במנהרה אמל"ח רב ואמצעי מודיעין רבי-ערך שנחקור ונעדכן על כך בהמשך".
תא"ל דפרין הדגיש: "זה שימוש ציני של חמאס בתשתית אזרחית, בית חולים, במקום לעזור לאנשים, לגרום למוות ורצח - אנחנו נמשיך לרדוף אותם, עד האחרון שבהם, ועד להשגת מטרות המלחמה".