הסוגייה של הפגישות בארבע עיניים בין ראש הממשלה בנימין נתניהו לראש השב"כ רונן בר עולה כנקודת מחלוקת מרכזית בשני התצהירים שהוגשו לבג"ץ. מבדיקה שנערכה עולה כי הפגישות הפרטיות, ללא נוכחות המזכיר הצבאי וללא קצרנית, היו רבות יותר בתקופת נתניהו לעומת פגישות של ראשי ממשלה קודמים עם ראשי שב"כ.
במוקד הפגישות החשאיות עמדו נושאי האבטחה, שנחשבים לתחום אישי שבו לא נהוג שהמזכיר הצבאי נוכח בחדר. נתניהו העלה בפגישות אלה דרישות הנוגעות לאבטחת המעונות, אשתו ובנו – נושאים שהיו במרכז השיחות שהתקיימו ללא תיעוד.
בתצהירו טען נתניהו כי בר הוא שיזם 9 פגישות כאלה, בעוד הוא עצמו ביקש רק ארבע. אולם מבדיקה עולה כי בפרקטיקה, בהרבה מקרים נתניהו נהג לקרוא לבר לשיחה פרטית בארבע עיניים לפני תחילת ישיבה ביטחונית רשמית, והמזכיר הצבאי והקלדנית הורשו להיכנס רק לאחר מכן.
בנוסף, לא פעם במהלך התקופה המשותפת נקרא ראש השב"כ בדחיפות באמצע היום לשיחות פרטיות על הדרישות האישיות של ראש הממשלה. שיחות אלה לא תועדו כלל, מאחר שהוגדרו כפגישות שאינן מופיעות בלוח הזמנים הרשמי.
בתצהירו הגלוי לא התייחס בר למועד מסוים שבו נתניהו ביקש להוציא מהחדר את המזכיר הצבאי והקלדנית כדי למנוע תיעוד של חילופי הדברים. נתניהו, מצידו, התייחס בתצהירו לפגישה שציין בר בחלק החסוי, שהתקיימה במרץ 2023, וטען כי דווקא בר הוא שביקש להישאר עמו ביחידות בתום הפגישה. בשב"כ לא מתייחסים לדברים.
עניין הפגישות הפרטיות מקבל משנה חשיבות לנוכח הטענות המרכזיות בתצהירו של בר, ולפיהן נתניהו ביקש ממנו לציית לראש הממשלה ולא לבג"ץ במקרה של משבר חוקתי, וכן שניסה לכפות עליו חוות דעת שנוסחה מטעמו שתשפיע על ניהול משפטו.
באשר לטענה בדבר אמירה על ציות לראש הממשלה ולא לבג"ץ, נתניהו לא הכחיש אותה באופן מפורש בתצהירו, אלא טען כי אין ראיות לכך בתצהיר החסוי שהגיש בר או בתמלול פגישת עבודה שבר ציין בהקשר זה.
הפערים בין גרסאות נתניהו ובר, והפגישות הרבות שהתקיימו ללא תיעוד, יעמדו במוקד הדיון בבג"ץ לגבי חוקיות פיטוריו של ראש השב"כ.