הספינה של ארגון "צי החירות" הפרו-פלסטיני נשאה סיוע הומניטרי ופעילים עשתה את דרכה לעזה, תחת מעטה חשאיות. בשעות הלילה (בין חמישי לשישי) היא הופצצה פעמיים בידי כטב"ם במים הבין-לאומיים סמוך למלטה, בארגון מפנים את האצבע המאשימה לישראל: "חייבת לספק הסברים".
הארגון הפרו-פלסטיני פרסם הבוקר תיעוד שבו נראית האש בוערת על הספינה שכונתה The Conscience (המצפון). "שגרירי ישראל חייבים להיקרא לספק הסברים על הפרות המשפט הבין-לאומי, לרבות המצור המתמשך על עזה והפצצת כלי השיט האזרחי שלנו במים בין-לאומיים", נמסר מטעם הארגון.
ממשלת מלטה מסרה כי הרשויות הימיות קיבלו קריאת מצוקה מכלי שיט שדיווח על שרפה מעט אחרי חצות. הספינה הייתה מחוץ למים הטריטוריאליים של מלטה, ועל סיפונה היו 12 אנשי צוות וארבע אזרחים, כולם חולצו. הספינה עלתה באש, ולפי הארגון עמדה לשקוע בשל הפיצוץ.
הארגון הפרו-פלסטיני שמכריז על עצמו ככזה "הפועל לסיום המצור של ישראל על עזה" מסר כי פעל
תחת איפול תקשורתי – כדי למנוע ניסיונות שיבוש". לדבריו, פעילת האקלים גרטה טונברג ודמויות בולטות נוספות היו אמורות להיות על הספינה במלטה, אך לא היו שם בזמן השרפה.
לפי הדיווחים, הספינה, שרשומה תחת דגל פלאו, יצאה מתוניס ביום שלישי ועגנה מול חופי מלטה במשך כ-12 שעות לפני התקיפה. היא הופצצה פעמיים בידי כטב"ם, לפי אותם דיווחים, במרחק 17 קילומטרים מחופי מלטה, במים הבין-לאומיים. הגנרטורים שבחזית הספינה היו ככל הנראה המטרה.